La Misión de Nuestra Señora de Loreto Conchó fue fundada en 1697, cerca de Conchó, asentamiento de los indios monguíes.

El 19 de octubre de 1667, el padre Juan María de Salvatierra desembarcó con algunos soldados en la bahía de San Dionisio. Durante la primera semana levantaron una edificación muy sencilla, a cuyo frente colocaron una cruz de madera. El 25 de octubre, en procesión solemne, llevaron la imagen de la Virgen de Nuestra Señora de Loreto a esa pequeña capilla, ceremonia con la cual quedó fundada la misión y el territorio fue declarado como posesión de la Corona Española.
La Misión de Nuestra Señora de Loreto Conchó fue la primera misión exitosa en las Californias. Se le llamó “Cabeza y Madre de las Misiones de la Baja y Alta California”, y fue el punto de partida de los jesuitas para su labor evangelizadora en la península.
Después de la expulsión de los jesuitas en 1768, la mision quedó en manos de los frailes franciscanos.

Hoy en día, la iglesia de la misión se ubica en el centro de la Ciudad de Loreto.