En 1705, los padres Pedro de Ugarte y Juan María de Salvatierra fundaron a 32 km al sur de Loreto la Misión de San Juan Bautista de Ligüí-Malibat, para evangelizar a los monguíes y cochimí, en cuya lengua el lugar se llamaba Ligüi a Malibat.

Desde el inicio las condiciones no fueron favorables. La misión vivió frecuentes asaltos, y la escasez de agua y un suelo poco apto para la agricultura llevaron a su abandono en 1721. La población se mudó a 80 km, a la recién fundada Misión de Nuestra Señora de los Dolores Chillá, en territorio guaycura.

Después de frecuentes tempestades e inundaciones, en 2014 apenas son visibles tres piedras, pintadas de cal, que señalan el lugar donde se ubicaba la misión.