La Misión de San José de Comondú fue fundada en 1708 por los jesuitas Juan María de Salvatierra, Juan Ugarte y Julián Mayorga, en un valle fluvial conocido como Comondú por los indígenas cochimíes.

La misión era abundantemente abastecida por las Visitas de San Ignacio y San Miguel, por lo que entre 1754 y 1760 se logró erigir una gran iglesia de piedra con tres naves. Después de la muerte del Padre Mayorga, los pocos creyentes que aún quedaban ahí fueron reubicados en la Misión de San Ignacio de Kadakaamán.

Las ruinas de la mision fueron removidas en 1936. Hoy, en este lugar existe una capilla construida y rodeada por las piedras de la iglesia original.