Cerca de Huasinapí, asentamiento Cochimí en la Sierra de la Giganta, el jesuita Everardo Helen fundó en 1720 la Misión de Nuestra Señora de Guadalupe de Huasinapí.

Entre 1724 y 1726 ahí fueron bautizados más de 2000 indígenas, pero finalmente la misión sufrió el mismo destino que muchas otras en Baja California: las epidemias hicieron estragos en la población indígena, y plagas de langosta devastaron las cosechas y acabaron con los alimentos. Algunos de los habitantes inclusive se vieron obligados a comer las langostas para no morir de hambre.
Reportes del año 1744 describen a la iglesia de Nuestra Señora de Guadalupe como la más hermosa de California. Sin embargo, a causa de las fuertes tormentas, ese mismo año se derrumbó uno de sus muros causando la muerte de unos 100 feligreses. En 1795, durante la época de los dominicos, la misión fue abandonada y los pocos pupilos restantes fueron trasladados a la Misión La Purísima Concepción de Cadegomó.

En 2014 todavía se conservan algunos muros de piedra, parte del basamento de la iglesia construida después de 1744, y algunos vestigios del sistema de irrigación en un bosquecito de palmeras.