La Misión de Santiago el Apóstol Aiñiní fue fundada en 1724 por el jesuita Ignacio María Nápoli, con financiamiento del Marqués de Villapuente de la Peña, en el asentamiento que los nativos pericúes llamaban Aiñiní.

Situada a la orilla de un arroyo, al sur de la región cora, la misión se desarrolló exitosamente bajo la conducción de Lorenzo Carranco. Durante la rebelión de los pericúes en 1734, el padre Carranco fue asesinado junto con dos de sus ayudantes.
La misión fue abandonada y solamente quedaron algunas piedras en un terreno aledaño, actualmente privado. En 1736 se inició la reconstrucción de la misión en un nuevo lugar y, a partir de 1768, quedó en manos de los franciscanos. Fue cerrada finalmente en 1765, durante el período de los dominicos. Los novicios restantes fueron reubicados en la Misión de San José del Cabo Añuití.

La iglesia misional que se puede ver actualmente, fue construida en 1950.