La Misión de San Luis Gonzaga Chiriyaqui fue establecida en 1737 por el padre jesuita Lamberto Hostell, en medio de un solitario y polvoriento desierto al que los indígenas guaycura llamaban Chiriyaqui.

Cuando catorce años más tarde el padre Johann-Jakob Baegert llegó a este remoto sitio, la misión prácticamente había sido destruida por un huracán. Baegert emprendió la reconstrucción de la iglesia con material más resistente, como la piedra rosada local, y le puso techo de teja. En su época de máximo esplendor la misión llegó a atender a 500 nativos de etnias diferentes, pero nunca fue autosuficiente. En 1768 se ordenó su cierre y el traslado de sus 310 integrantes a la Misión de Santa Rosa de las Palmas (Todos Santos), que quedaba a una distancia de casi 200km.

Hoy todavía se puede apreciar la iglesia construida por Johann-Jakob Baegert, así como vestigios del sistema de irrigación.

Baegert publicó en 1771, en Mannheim/Alemania, sus memorias como misionero en Baja California tituladas Noticias de la Peninsula Americana de California, en las que describe la población nativa, su forma de vida, la flora y la fauna de este país sin sombras.