En 1728, el padre Juan Bautista de Luyando fundó Misión de Nuestro Señor San Ignacio Kadakaamán en territorio cochimí, de nombre Kadakaamán.

Gracias a la abundancia de agua y la fertilidad de la tierra, en esta misión se pudo cultivar centeno, trigo, aceitunas, higos, caña de azucar, granadas, algodón, dátiles y hasta 500 cepas de vid. En 1733 se dió la primera producción de vino. San Ignacio fue por largo tiempo la misión más norteña de la península y el punto de partida para las expediciones hacia el norte. Para impedir que las  frecuentes inundaciones destruyeran los cultivos, se construyeron diques que llegaron a tener hasta 5 km, y cuyos vestigios se pueden apreciar al este de San Ignacio. (El padre José Rotea encontró en 1765 un esceleto que medía 11 pies, del cual se pensaba que pertenecía a los gigantes legendarios que vivían en la región antes de los Cochimíes)

La misión quedó en manos de los franciscanos a partir de abril de 1768. La iglesia actual fue terminada por el padre dominico Juan Gómez.