Am 19. Oktober 1697 landete Pater Juan María de Salvatierra mit einigen Soldaten in der Bucht von San Dionisio. In den ersten Tagen errichteten sie ein bescheidenes Gebäude, das durch ein hölzernes Kreuz als Kapelle kenntlich gemacht wurde. Am 25. Oktober wurde in einer feierlichen Prozession das Bildnis Unserer heiligen Jungfrau von Loreto in die Kapelle getragen. Damit wurde das Gebiet für die Spanische Krone in Besitz genommen und die Mission gegründet. Sie war die erste erfolgreiche Mission in Baja California und damit die Basis und das Hauptquartier der Jesuiten zur Missionierung der Halbinsel. 
Die Mission wurde 1768, nach der Aufhebung des Jesuiten-Ordens, vom Orden der Franziskaner übernommen.

Die Missionskirche steht heute inmitten der Stadt.