Die Mission baute Roggen, Weizen, Oliven, Feigen, Zuckerrohr, Granatäpfel, Baumwolle, Arabische Dattelpalmen an und pflanzte 500 Weinstöcke. Der erste Wein wurde 1733 gekeltert. Für lange Zeit war San Ignacio die nördlichste Jesuitenmission und Basis für weitere Expeditionen nach Norden. Fluten zerstörten immer wieder die Pflanzungen, deshalb bauten die Jesuiten mehrer, bis zu drei Meilen lange Deiche. Reste davon sind heute noch im Osten von San Ignacio zu sehen. (1765 fand Pater José Rotea ein 11 Fuß hohes Skelett, das den legendären Riesen, die vor den Cochimí hier gelebt haben sollen, zugeschrieben wurde). Im April 1768 wurde die Mission von den Franziskanern übernommen.

Die heutige Kirche wurde 1786 durch den Dominikanerpater Juan Gómez vollendet.