Als Pater Johann-Jakob Baegert 14 Jahre später in der isolierten Mission eintraf, war diese durch einen Hurrikan weitgehend zerstört. Johann-Jakob Baegert nahm den Wiederaufbau in Angriff und errichtete die Kirche mit Sandsteinwänden und Ziegeldecken. Baegert überwachte den Bau bis zur Vertreibung der Jesuiten 1767. Ungeachtet dessen wuchs die Bevölkerung in der Mission im folgenden Jahr bis auf 1000 Seelen an. Sie wurde 1768 abrupt geschlossen, die Bewohner in die 120 Meilen entfernte Misión de Santa Rosa de las Palmas (Todos Santos) überführt.

Die heute zu sehende Kirche ist die von Pater Johann-Jakob Baegert erbaut, Reste des Bewässerungssystems sind noch vorhanden.

Im Jahre 1771 veröffentlichte Johann-Jakob Baegert aus Mannheim Nachrichten von der Amerikanischen Halbinsel Californien, in dem er seine Missionserinnerungen im Land ohne Schatten beschreibt.