Zunächst wurden zwischen 1724 und 1726 über 2000 Einheimische getauft. Doch dann ereilte die Mission das gleiche Schicksal wie viele andere Missionen auf der Baja California: zum Einen vernichteten Heuschreckenschwärme die Ernten und Lebensmittelvorräte- einige Bewohner entgingen dem Hungertod nur dadurch, indem sie tote Heuschrecken aßen. Zum Anderen wurden die Indianer durch grassierende europäische Krankheiten dahingerafft. 
Ein Bericht aus dem Jahr 1744 spricht von der schönsten Kirche in Kalifornien. Durch heftige Regenfälle im November des gleichen Jahres stürzte eine Mauer ein und begrub 100 Gläubige unter sich. 1795, in der Dominikaner-Periode, wurde die Mission aufgegeben, die verbliebenen 74 Zöglinge zogen zur Mission La Purísima um.

2014 waren noch Mauerreste, Fundamentsteine der nach 1744 neu errichteten Kirche sowie Teile des Bewässerungssystems in einem Palmenhain zu sehen.